Por una iniciativa conjunta de científicos, pescadores y gobierno, en 1995, el arrecife y las playas de Cabo Pulmo fueron decretados Área Natural Protegida, bajo la categoría de Parque Nacional. Tiene una superficie de 7,111 hectáreas (14 km de largo y 8.60 km en su parte más ancha).

Diez años después la UNESCO lo reconoció como Patrimonio Natural de la Humanidad y en el 2008 fue denominado sitio RAMSAR porser un humedal de importancia internacional.

El fondo marino tiene unas barras de basalto sobre  las cuales vive el arrecife de coral. Durante todo el año, la biodiversidad marina del Parque va cambiando: dependiendo de la temporada se encuentran especies migratorias que utilizan el área para alimentarse o como zona de refugio y crianza.